La historia se centra en Keiichi Morisato, un estudiante universitario que adora los coches y las motos. Un día, Keiichi se queda atendiendo el teléfono de la residencia universitaria donde vive por una llamada importante que debe de recibir uno de sus Sempais, Tamiya. La atiende y seguidamente llama por teléfono accidentalmente a una “Línea de Atención de las Diosas”. En las OVAs, él intentaba encargar comida a domicilio, mientras que en el manga estaba transmitiendo el mensaje que había recibido anteriormente por teléfono a Tamiya. Y la hermosa diosa Belldandy aparece en la habitación, saliendo por el espejo que estaba detrás de Keiichi, ofreciéndole un deseo. Asumiendo que es una broma más, debido a que no liga demasiado por su estatura y sus amigos se meten con él por ese motivo, Keiichi desea que Belldandy (que él encuentra muy atractiva) permanezca con él para siempre, y su deseo es inmediatamente concedido. Esto se complica cuando las hermanas de Belldandy, Urd y Skuld, se mudan con ellos, trayéndoles muchísimos más problemas y mil y una situaciones comicas que se producen cuando 3 chicas con poderes coexisten con una persona normal.

Las tres diosas están basadas en las diosas de la mitología nórdica Urd, Verdandi/Verthandi y Skuld, que representan el pasado, el presente y el futuro. Las diosas acceden a un sistema informático denominado Yggdrasil, la web en la que está basada, y que en la mitología es el árbol que sostiene el universo, al igual que lo hace el sistema informático.